القسم الأول : القرآن مج. 1، ج. 1. الشبهات التي تولى القرآن الرد عليها-مج. 2، ج. 2. شبهات حول ما توهم من أخطاء لغوبة في القرآن الكريم-مج. 3، ج. 3. شبهات حول التاريخ الإسلامي (1)-مج. 4، ج. 6. شبهات حول العقيدة الإسلامية وقضايا التوحيد-مج. 5. شبهات حول مقارنة الأديان. مج. 6، ج. 9. شبهات حول الأنبياء والرسل-مج. 7، ج. 11، ج. 12-مج. 8، ج. 13. شبهات حول العبادرات والمعاملات الاقتصادية في الإسلام-مج. 9، ج. 14، ج. 15-مج. 10، ج. 16، ج. 17-مج. 11، ج. 18. شبهات حول المرأة وحقوقها في الإسلام-مج. 12، ج. 20. فهرس الآيات التي تشتمل على قضايا في الموسوعة القسم الثاني : الرسول مج. 1.، ج. 1. شبهات حول حياة النبي-مج. 2، ج. 3. شبهات حول عقيدة النبي صلى الله عليه وسلم وعصنته ومعجزاته-مج. 3، ج. 5. شبهات حول نبوة النبي صلى الله عليه وسلم وعلاقته بأهل الكتاب-مج. 4، ج. 7. فهرس الآيات التي تشتمل على قضايا في الموسوعة القسم الثالث : السنة النبوية مج. 1. شبهات حول مصدر السنة وحجيتها-مج. 3. شبهات حول عدالة الصحابة (1) : (الطعن في أبي هريرة)-مج. 3، ج. 5. شبهات حول الأئمة والرواة-مج. 4، ج. 8. شبهات حول أحاديث العقيدة (1) : (الإلهيات)-مج. 5، ج. 10. شبهات حول العقيدة (3) : (السمعيات)-مج. 6، ج. 11. شبهات حول أحاديث الفقه (1) : (العبادات)-مج. 7، ج. 12. شبهات حول أحاديث الفقه (2) : (المعاملات وأبواب أخرى)